Glavni objekt kompleksa trobrodna je bazilika sa širim i višim središnjim brodom koji je od bočnih brodova odvojen s dva niza arkada. Sva tri broda završavaju polukružnim apsidama, a u glavnoj apsidi koja je šira i dublja od bočnih, smješten je ciborij. Uz sjeveroistočni kut bazilike nadovezuje se trolisna memorijalna kapela s elipsoidnim predvorjem, a njezino vanjsko predvorje (narteks) povezalo se s prostranim kvadratičnim dvoristem (atrij), na cijoj se zapadnoj strani nalazi osmerostrana krstionica (baptisterij).
Na prostoru između sjeverne strane atrija i obale mora podignuta je istovremeno jos jedna velika crkva sa osi okomitom na os glavne bazilike, a koja je u toku Srednjeg vijeka pregrađena u biskupski dvor.

Mnogo kasnije nastaju ostali objekti ovog kompleksa. U XVIII. st. cijeli je kompleks teško stradao, mnogi su dijelovi porušeni, a kompletna restauracija izvršena je poslije Drugog svjetskog rata.

Eufrazijeva bazilika bogato je ukrašena u bizantskom stilu mozaicima (koji, uz mozaike crkve San Vitale u Ravenni predstavljaju najznačajnije primjerke umjetnosti mozaika u Europi), te inkrustacijama, štukom i plastičnom dekoracijom.